В шестимесячный период после событий первого фильма Нео обнаруживает у себя невероятную способность воздействовать на окружающее и уверен, что его дар связан с войной против машин. В фильме 'Матрица: неизвестный финал' будут даны ответы на дыры в сюжете первого фильма.